Полное секвенирование экзома (венозная кровь)

Метод исследования: секвенирование нового поколения (NGS).

Наша ДНК — длинная нить, которая состоит из отрезков — генов. Секвенирование - самый современный и точный способ расшифровки (прочтения) генов или их участков. Экзом — это часть генома, которая кодирует белки в организме. Хотя экзом составляет всего 1% от всей последовательности ДНК человека, он содержит до 85% клинически значимой информации. Именно в экзоме находятся большинство известных генетических вариантов, связанных с наследственными заболеваниями.

Секвенирование экзома - определение структуры кодирующих участков (всех генов) всех генов. В исследование включены как клинически значимые, так и все остальные гены человека. Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 70x (каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования).  При полном секвенировании экзома после секвенирования панели генов дополнительно выявляются от 5 до 15% патогенных вариантов.  Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики, вероятность обнаружения причины заболевания составляет 15-40% в зависимости от заболевания.

Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома:

• Однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов;
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с огранчениями).

Показания к исследованию:

Исследование второй линии, при получении  отрицательного результата других методов диагностики, но вероятность генетической природы заболевания не исключается. Также в таких случаях рекомендуется проведение исследования родителям с целью поиска генов с неизвестной клинической значимостью (GUS). При обнаружении общего патогенного варианта в таких генах можно рассматривать их как причину заболевания, при наличии дополнительной информации об этих генах и обнаруженных вариантах.  Полное секвенирование экзома в некоторых случаях может быть полезно для переанализа данных, когда может появиться информация о клинической значимости генов, которые ранее были классифицированы как гены с неизвестной клинической значимостью (GUS).

Ограничения метода:

• Исследование не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы).
• Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).