Панель "Наследственные заболевания крови"

Метод исследования: секвенирование нового поколения (NGS).

Наследственные заболевания крови объединяют болезни, вызванные мутациями в генах. Они влияют на синтез эритроцитов, лейкоцитов и тромбоцитов. Эти мутации могут передаваться по наследству или возникать случайно. Основные причины генетических болезней включают:

• Нарушение синтеза и структуры гемоглобина, как в серповидноклеточной анемии и талассемии;
• Изменения в функции коагуляции, например, в гемофилии;
• Аномалии в количестве и функции лейкоцитов, что может привести к хроническим инфекциям.

Панель "Заболевания крови" включает анализ 270 генов, связанных с нарушениями кроветворения и свертываемости крови. Исследование позволяет выполнить комплексную генетическую диагностику широкого спектра гематологических заболеваний, начиная от нарушения функции костного мозга и заканчивая специфическими заболеваниями, поражающими различные клеточные популяции или факторы, участвующие в гемостазе. Все генетические дефекты, проявляющиеся недостаточностью костного мозга, приводят к тяжелой иммуносупрессии, которая может потребовать трансплантации стволовых клеток. Пациенты с наследственными синдромами недостаточности костного мозга имеют высокий риск развития рака, лейкемии или солидных опухолей. Поэтому роль генетической диагностики при наследственных гематологических заболеваниях крайне актуальна.

В зависимости от основного дефекта и пораженной гематологической клеточной популяции симптомы могут варьироваться от нарушений свертываемости крови до тяжелой анемии или могут вызывать значительную иммуносупрессию. Кроме того, наследственные дефекты коагулопатии также могут вызывать тромбофилию, увеличивая риск тромбоза даже в детском возрасте.

Виды генетических изменений, определяемых панелью «Наследственные заболевания крови»:

• Однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех клинически значимых генов;
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов в экзонах всех клинически значимых генов;
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями).

Показания к исследованию:

• не поддающиеся лечению анемии;
• нарушение свертываемости крови;
• нарушение морфологии клеток крови;
• наличие среди родственников первой линии заболеваний крови.

Список генов, входящих в исследование:

ABCA3, ABCB7, ABCG5, ABCG8, ACD, ACTB, ACTN1, ADAMTS13, AK1, AK2, ALAS2, AMN, ANK1, ANKRD26, AP3B1, AP3D1, ARPC1B, ATM, ATR, ATRX, BLM, BLOC1S3, BLOC1S6, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, C15ORF41, C6ORF25, CBL, CD59, CDAN1, CDC42, CDKN2A, CEBPA, CECR1, CLCN7, CLPB, CSF2RA, CSF3R, CTC1, CTLA4, CTSC, CUBN, CXCR4, CYB5R3, CYCS, DDX41, DHFR, DKC1, DNAJC21, DNASE2, DTNBP1, EFL1, EGLN1, ELANE, EPAS1, EPB41, EPB42, EPCAM, EPOR, ERCC4, ERCC6L2, ETV6, F10, F11, F12, F13A1, F13B, F2, F5, F7, F8, F9, FADD, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FGA, FGB, FGG, FLI1, FLNA, FYB, G6PC3, G6PD, GATA1, GATA2, GBA, GCLC, GFI1, GFI1B, GGCX, GINS1, GLRX5, GP1BA, GP1BB, GP9, GPI, GPR143, GSS, HAVCR2, HAX1, HBA1, HBA2, HBB, HFE, HK1, HMOX1, HOXA11, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, IFNGR2, IKZF1, ITGA2, ITGA2B, ITGB3, ITK, JAGN1, JAK2, KCNN4, KIF23, KLF1, KRAS, LAMTOR2, LMAN1, LPIN2, LYST, MAGT1, MAP2K1, MAP2K2, MASTL, MCFD2, MECOM, MKL1, MLH1, MPL, MSH2, MSH6, MTHFD1, MTR, MYH9, MYO5A, NAF1, NBEAL2, NBN, NF1, NHP2, NOP10, NRAS, NT5C3A, OBFC1, OCA2, P2RY12, PALB2, PARN, PAX5, PC, PDHA1, PDHX, PGK1, PGM3, PIEZO1, PKLR, PMS2, POT1, PRF1, PRKACG, PROC, PROS1, PTPN11, PUS1, RAB27A, RAC2, RAD51C, RASGRP2, RBM8A, RECQL4, REN, RHAG, RIT1, RNF168, RPL11, RPL15, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35A, RPL5, RPS10, RPS19, RPS24, RPS26, RPS28, RPS29, RPS7, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SBDS, SEC23B, SERPINC1, SERPINF2, SFTPB, SFTPC, SH2D1A, SLC11A2, SLC19A2, SLC25A38, SLC37A4, SLC45A2, SLC46A1, SLC4A1, SLFN14, SLX4, SMARCD2, SOS1, SPTA1, SPTB, SRC, SRP54, SRP72, STAT3, STX11, STXBP2, TBXA2R, TBXAS1, TCN2, TERC, TERT, TF, THBD, THPO, TINF2, TMPRSS6, TP53, TPI1, TRNT1, TUBB1, TYR, TYRP1, UBE2T, UNC13D, USB1, VKORC1, VPS13B, VPS45, VWF, WAS, WDR1, WIPF1, WRAP53, XIAP, XRCC2, YARS2, ZCCHC8.

При секвенировании генов, включенных в панель "Заболевания крови", вероятность обнаружения причины заболевания составляет 20-45% .

Ограничения метода:

• не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы);
• точность метода снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).

Исследование не рекомендуется для пациентов с подозрением на анемию вследствие альфа-талассемии (HBA1 или HBA2). Эти гены являются высоко гомологичными, что снижает частоту обнаружения вариантов в этих генах.

Исследование не рекомендуется для пациентов с подозрением на тяжелую гемофилию А, если общие инверсии не исключены предыдущим тестированием. Инверсия интрона 22 гена F8 идентифицируется у 43–45% пациентов с тяжелой формой гемофилии А, а инверсия интрона 1 — у 2–5%.  Этот тест не позволяет надежно обнаружить эти инверсии.