Панель "Детский церебральный паралич"

Метод исследования: секвенирование нового поколения (NGS).

Детский церебральный паралич (ДЦП) - группа стабильных нарушений развития моторики и поддержания позы, ведущих к двигательным дефектам, обусловленным непрогрессирующим повреждением и/или аномалией развивающегося головного мозга у плода или новорожденного ребёнка. До 80% наблюдений поражений мозга, вызывающих церебральный паралич,

происходит в периоде внутриутробного развития плода; в последующем внутриутробная патология часто отягощается интранатальной. Среди многих факторов возникновения не исключена роль наследственной предрасположенности и генетической патологии в структуре ДЦП. Детский церебральный паралич развивается, по разным данным, в 2-3,6 случаях на  1000 живых новорожденных и является основной причиной детской неврологической инвалидности в мире. Среди недоношенных детей частота ДЦП составляет 1%. У новорожденных с массой тела менее 1500 г распространённость ДЦП увеличивается до 5-15%, а при экстремально низкой массе тела ― до 25-30%. Многоплодная беременность также повышает риск развития ДЦП. В ряде случаев ДЦП сопровождается вторичными проявлениями: поведенческими и когнитивными нарушениями, расстройства аутистического спектра, нарушениями функции желудочно-кишечного тракта, в частности, нарушением глотания и жевания. До 41% детей с церебральным параличом имеют сопутствующую эпилепсию.

Панель "Детский церебральный паралич" включает анализ 957 генов связанных с группой  стабильных нарушений развития моторики и поддержания позы, ведущих к двигательным дефектам, обусловленным непрогрессирующим повреждением и/или аномалией развивающегося головного мозга во внутриутробном периоде или у новорожденного ребёнка. При секвенировании генов, включенных в панель "Детский церебральный паралич" , вероятность обнаружения причины заболевания составляет 20-45% .

Виды генетических изменений, определяемых панелью "Детский церебральный паралич":

• Однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех клинически значимых генов;
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов в экзонах всех клинически значимых генов;
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями).

При секвенировании генов, включенных в панель, вероятность обнаружения причины заболевания составляет 20-45% .

Показания к исследованию:

• новорождённым с симптомами детского церебрального паралича при отсутствии других причин (перинатальных осложнений, многоплодной беременности, инфекций внутриутробного периода, асфиксии плода).

Список генов, входящих в исследование:

AARS2, ABCC8, ABCD1, ABHD12, ACAD9, ACAT2, ACO2, ACOX1, ACSL4, ACTA1, ACTB, ACTG1, ACY1, ADAM22, ADAR, ADCY5, ADGRG1, ADNP, ADRA2B, ADSL, AFG3L2, AGA, AHDC1, AHI1, AIFM1, AIMP1, AIPL1, AKT1, AKT3, ALDH18A1, ALDH3A2, ALDH5A1, ALDH6A1, ALDH7A1, ALG11, ALG13, ALG3, ALG6, ALS2, AMACR, AMPD2, AMT, ANG, ANK3, ANKLE2, ANKRD11, ANO10, ANO3, AP1S2, AP3B2, AP4B1, AP4E1, AP4M1, AP4S1, AP5Z1, APOA1BP, APOPT1, APTX, ARFGEF2, ARG1, ARHGEF15, ARHGEF9, ARID1A, ARID1B, ARL13B, ARL6IP1, ARSA, ARSI, ARV1, ARX, ASCC1, ASNS, ASPA, ASPM, ATAD3A, ATCAY, ATIC, ATL1, ATM, ATP13A2, ATP1A2, ATP1A3, ATP2B3, ATP2B4, ATP5A1, ATP6AP2, ATP6V0A2, ATP7A, ATP7B, ATP8A2, ATR, ATRX, AUH,AUTS2, B3GALNT2, B3GNT2, B4GALNT1, B4GAT1, B9D1, B9D2, BCAP31, BCOR, BUB1B, C10orf2, C12orf65, C19orf12, C19orf70, C21orf2, CA8, CACNA1A, CACNA1B, CACNA1D, CACNA1G, CACNA2D2, CAD, CAMTA1, CAPN1, CARS2, CASK, CASR, CAV1, CC2D1A, CC2D2A, CCDC22, CCDC88C, CCND2, CCT5, CDC42, CDK5,CDK5RAP2, CDK6, CDKL5, CENPE, CENPJ, CEP104, CEP135, CEP152, CEP290, CEP41, CEP63, CHAT, CHCHD10, CHD2, CHD7, CHD8, CHMP1A, CHMP2B, CHRNA2, CHRNA4, CHRNB2, CIT, CIZ1, CKAP2L, CLCN2, CLCN4, CLIC2, CLN3, CLN5, CLN6, CLN8, CLP1, CLPB, CLTC, CNKSR2, CNTNAP2, COA7, COASY, COG2,COG8, COL12A1, COL18A1, COL4A1, COL4A2, COL6A1, COL6A2, COL6A3, COQ2, COQ4, COQ7, COQ9, COX10, COX15, CP, CPLX1, CPS1, CPT1A, CPT1C, CPT2, CRADD, CRB1, CREBBP, CRX, CSF1R, CSPP1, CSTB, CTC1, CTCF, CTDP1, CTNNB1, CTSD, CTSF, CUL4B, CYB5R3, CYP27A1, CYP2U1, CYP7B1, D2HGDH, DAG1, DAO, DARS, DARS2, DCAF17, DCHS1, DCTN1, DCX, DDB2, DDC, DDHD1, DDHD2, DDX3X, DEAF1, DENND5A, DEPDC5, DGUOK, DHCR24, DHCR7, DHDDS, DHFR, DKC1, DLAT, DLD, DNAJC12, DNAJC3, DNAJC5, DNAJC6, DNM1, DNM1L, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DOCK7, DPM3, DPYS, DRD2, DSTYK, DYNC1H1, DYRK1A, EARS2, ECHS1, ECM1, EDNRB, EED, EEF1A2, EEF2, EFTUD2, EHMT1, EIF2AK3, EIF2B1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2B5, EIF2S3, ELAC2, ELOVL4, ELOVL5, ELP4, ENTPD1, EP300, EPHA4, EPM2A, ERBB4, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC8, ERLIN1, ERLIN2, ERMARD, ETFA, ETFB, ETFDH, ETHE1, EXOSC3, EXOSC8, EZH2, FA2H, FAM134B, FAR1, FARS2, FASN, FAT4, FBXL4, FBXO7, FGD1, FGF12, FGF14, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FH, FIG4, FKRP, FKTN, FLNA, FLRT1, FOLR1, FOXC1, FOXG1, FOXP1, FOXRED1, FRRS1L, FTL, FTO, FUCA1, FUS, FXN, GABBR2, GABRA1, GABRB1, GABRB2, GABRB3, GABRG2, GAD1, GALC, GAMT, GAN, GATM, GBA, GBA2, GBE1, GCDH, GCH1, GCK, GCSH, GFAP, GFM1, GFM2, GJA1, GJB1, GJC2, GLB1, GLDC, GLE1, GLI2, GLI3, GLRA1, GLRB, GLRX5, GLUL, GLYCTK, GM2A, GMPPB, GNAL, GNAO1, GNAS, GNB1, GOSR2, GPC3, GPHN, GPR88, GPSM2, GRIA3, GRID2, GRIK2, GRIN1, GRIN2A, GRIN2B, GRIN2D, GSS, GTPBP3, GUCY2D, GUF1, HACE1, HADH, HCFC1, HCN1, HDAC8, HECW2, HEPACAM, HERC1, HIBCH, HNRNPA1, HNRNPU, HPCA, HPRT1, HSD17B10, HSD17B4, HSPD1, HSPG2, HTRA1, HTRA2, HUWE1, HYLS1, IARS, IBA57, IDH1, IDH2, IDS, IDUA, IER3IP1, IFIH1, IL1RAPL1, IMPDH1, INPP5E, INS, IQCB1, IQSEC2, ISCA2, ISPD, ITM2B, ITPA, ITPR1, KANK1, KANSL1, KARS, KAT6A, KAT6B, KATNB1, KCNA1, KCNA2, KCNB1, KCNC1, KCNC3, KCND3, KCNH1, KCNJ10, KCNJ11, KCNJ13, KCNMA1, KCNQ2, KCNQ3, KCNT1, KCTD17, KCTD7, KDM5C, KDM6A, KIAA0196, KIAA1033, KIAA2022, KIDINS220, KIF11, KIF1A, KIF1C, KIF2A, KIF5A, KIF5C, KIF7, KLC2, KLC4, KMT2B, KMT2D, KNL1, KRAS, KY, L1CAM, L2HGDH, LAMA1, LAMA2, LAMB1, LAMC3, LARGE, LCA5, LGI1, LIAS, LIPT1, LMNB1, LMNB2, LRAT, LYRM7, MAG, MAN2B1, MAP2K1, MAPK10, MAPT, MARS, MARS2, MAT1A, MATR3, MBD5, MBOAT7, MBTPS2, MCCC1, MCCC2, MCOLN1, MCPH1, MDH2, MECP2, MECR, MED12, MED17, MED25, MEF2C, MFF, MFN2, MFSD2A, MFSD8, MGAT2, MICU1, MKS1, MLC1, MLYCD, MMADHC, MME, MOCS1, MOCS2, MPC1, MPDZ, MPV17, MPZ, MRE11A, MRPS22, MTFMT, MTO1, MTOR, MTPAP, MUT, MYO5A, NAA10, NACC1, NADK2, NAGA, NALCN, NARS2, NBN, NDE1, NDUFA1, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFA2, NDUFA9,NDUFAF1, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFAF5, NDUFAF6, NDUFB3, NDUFB9, NDUFS1, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, NECAP1, NEDD4L, NEFH, NEK1, NF1, NFIX, NFU1, NGLY1, NHLRC1, NIN, NIPA1, NIPBL, NKX2-1, NKX2-5, NKX6-2, NOTCH3, NPC1, NPC2, NPHP1, NPHP3, NPRL3, NR2F1, NRXN1, NSD1, NSDHL, NSUN2, NT5C2, NTNG1, NTRK2, NUBPL, NUP62, NUS1, OBFC1, OCLN, OCRL, OFD1, OPA1, OPA3, OPHN1, OPTN, PACS1, PAFAH1B1, PAH, PAK3, PANK2, PARK2, PARK7, PARS2, PAX6, PC, PCCA, PCCB, PCDH19, PCLO, PDE10A, PDGFB, PDGFRB, PDHA1, PDHB, PDHX, PDP1, PDX1, PDYN, PEX1, PEX10, PEX11B, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX2, PEX26, PEX3, PEX5, PEX6, PEX7, PFN1, PGAP1, PGAP2, PHC1, PHF6, PHGDH, PHKA1, PHYH, PIGA, PIGG, PIGN, PIGO, PIGP, PIGV, PIK3CA, PIK3R2, PINK1, PLA2G6, PLAA, PLCB1, PLEKHG2, PLK4, PLP1, PMP22, PMPCA, PNKD, PNKP, PNPLA6, PNPO, PNPT1, POLG, POLR1C, POLR3A, POLR3B, POMGNT1, POMGNT2, POMK, POMT1, POMT2, PON3, PPP1R15B, PPP2R5D, PPP3CA, PPT1, PQBP1, PRDM8, PRICKLE1, PRKCG, PRKRA, PRNP, PRPH, PRRT2, PSAP, PSAT1, PSEN1, PTCHD1, PTEN, PTPN11, PTS, PURA, PYCR2, QARS, QDPR, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAD21, RAI1, RANBP2, RARS2, RD3, RDH12, RECQL4, REEP1, REEP2, RELN, RFT1, RIT1, RMND1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNASET2, RNF125, RNF216, ROGDI, RPE65, RPGRIP1, RPGRIP1L, RPIA, RPS6KA3, RRM2B, RSPH4A, RTN2, RTN4IP1, RTTN, SACS, SAMHD1, SARS2, SASS6, SATB2, SCARB2, SCN10A, SCN1A, SCN1B, SCN2A, SCN4A, SCN8A, SCO1, SCP2, SCYL1, SDHA, SDHAF1, SDHB, SDHD, SEPSECS, SERAC1, SERPINI1, SETBP1, SETD2, SETD5, SETX, SGCE, SHANK3, SHOC2, SHROOM4, SIGMAR1, SIK1, SIL1, SLC12A5, SLC13A5, SLC16A2, SLC17A5, SLC19A3, SLC1A4, SLC20A2, SLC22A5, SLC25A1, SLC25A12, SLC25A15, SLC25A19, SLC25A20, SLC25A22, SLC2A1, SLC30A10, SLC33A1, SLC35A2, SLC35C1, SLC39A14, SLC39A8, SLC46A1, SLC6A1, SLC6A3, SLC6A5, SLC6A8, SLC6A9, SLC9A6, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMPD1, SNAP25, SNAP29, SNCA, SNX14, SOBP, SOD1, SOS1, SOX10, SOX2, SPAST, SPATA5, SPATA7, SPG11, SPG20, SPG21, SPG7, SPR, SPTAN1, SPTBN2, SQSTM1, SRD5A3, SRPX2, SSR4, ST3GAL5, STAMBP, STIL, STRA6, STUB1, STX1B, STXBP1, SUCLA2, SUCLG1, SUMF1, SUOX, SURF1, SYNE1, SYNGAP1, SYNJ1, SYT14, SYT2, SZT2, TAF1, TAF15, TAF2, TANGO2, TARDBP, TARS2, TBC1D20, TBC1D24, TBCD, TBCE, TBCK, TBK1, TBL1XR1, TCF4, TCTN1, TCTN2, TCTN3, TECPR2, TFG, TGM6, TH, THAP1, TIMM50, TIMM8A, TK2, TMEM126B, TMEM138, TMEM216, TMEM231, TMEM237, TMEM240, TMEM5, TMEM67, TMEM70, TMTC3, TOE1, TOPORS, TOR1A, TOR1AIP1, TPI1, TPK1, TPP1, TRAIP, TRAPPC11, TRAPPC9, TREM2, TREX1, TRIP12, TRIT1, TRMT5, TRPV4, TSC1, TSC2, TSEN15, TSEN2, TSEN34, TSEN54, TSFM, TSHR, TTBK2, TTC19, TTC21B, TTPA, TTR, TUBA1A, TUBA8, TUBB, TUBB2A, TUBB2B, TUBB3, TUBB4A, TUBG1, TUBGCP4, TUBGCP6, TUFM, TULP1, TWIST1, TXN2, TYMP, TYROBP, UBA5, UBE3A, UBQLN2, UCHL1, UNC13A, UNC80, UPB1, UPF3B, UQCRQ, UROC1, USP8, USP9X, VAC14, VAMP1, VAPB, VARS2, VCP, VIPAS39, VLDLR, VPS11, VPS13A, VPS13C, VPS33B, VPS37A, VPS53, VRK1, WDR26, WDR48, WDR62, WDR73, WDR81, WWOX, XPA, XPC, XPR1, XRCC4, YME1L1, YWHAE, YWHAG, YY1, ZC4H2, ZDHHC15, ZEB2, ZFR, ZFYVE26, ZFYVE27, ZNF335, ZNF423

Ограничения метода:

• не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы);
• точность метода снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).