Хромосомный микроматричный анализ "Стандартный"

Метод исследования: секвенирование  нового поколения  NGS.

Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) является современной технологией исследования кариотипа, позволяющей провести полногеномную амплификацию с последующим анализом множества отдельных фрагментов генома с применением специально подготовленной микроматрицы. Благодаря этому можно изучить всю структуру генома в одном исследовании. Молекулярное кариотипирование является более точным, чем классическое. Поэтому с помощью этого метода выявляют аномалии меньшего размера и хромосомные аномалии плода раньше. Проводится оно как раз методом хромосомного микроматричного анализа (ХМА). В этой сложной технологии происходит связывание фрагментов генетического материала человека со специальным ДНК-чипом (микроматрицей) и последующий анализ связавшихся участков. Для исследования используют не клеточную массу, а выделенную ДНК, снижая влияние качества биоматериала на результат. Молекулярное кариотипирование позволяет выявить хромосомные перестройки небольшого размера (вариации числа копий участков ДНК, CNV), не обнаруживаемые во время проведения стандартного цитогенетического исследования. Молекулярное кариотипирование применяется не только во время беременности, но также детям и взрослым.

Для проведения хромосомного микроматричного анализа используется твердый носитель небольшого размера (микроматрица) из стекла или кремния. В определенном порядке к нему прикреплены короткие олигонуклеотиды (8-80 нп) или фрагменты ДНК (более 100 нп). При выполнении стандартного ХМА используется микроматрица средней плотности (750 тыс. маркеров).

При выполнении этого анализа с максимальной точностью исследуются все клинически значимые участки генома. Анализ позволяет установить нарушения в генах с известной клинической значимостью. Это позволяет диагностировать все известные микроделеционные синдромы и синдромы связанные с аутосомно-доминантными заболеваниями (в случае делеции генов).

Анализ позволят установить причину хромосомной патологии в случае недифферинцированных синдромов у детей с аутизмом, задержкой психомоторного развития, малыми аномалиями развития, множественными врожденными пороками развития.

При выполнении исследования могут быть выявлены патогенные делеции (исчезновение участков хромосом), дупликации (появление дополнительных копий генетического материала), участки с потерей гетерозиготности, которые имеют важное значение при болезнях импринтинга, близкородственных браках, аутосомно-рецессивных заболеваниях.

В некоторых случаях, по результатам стандартного ХМА может быть рекомендовано обследование родителей.

Стандартный хромосомный микроматричный анализ позволяет определить хромосомную патологию в пренатальном периоде. Метод эффективно определяет как анеуплоидии, так и патогенные микроделеции/микродупликации у плода. Для исследования необходимо небольшое количества амниотической жидкости или ворсин хориона, получаемых при инвазивной процедуре. Метод полностью заменяет кариотип и дает возможность определить контаминацию образца материнским материалом, что исключает риск ложноотрицательных результатов.

Стандартный хромосомный микроматричный анализ позволяет установить причины хромосомной патологии при наличии недифференцированных синдромов у детей с задержкой психомоторного развития, аутизмом, множественными врожденными пороками развития, малыми аномалиями развития.

Благодаря исследованию определяются:

Анеуплоидии

- мозаичные формы анеуплоидий от 10% мозаицизма;

- происхождения дополнительной хромосомы или делетированной копии.

Полиплоидии

-выявление дополнительных копий всех или нескольких хромосом -триплоидии и тетраплоидии;

- мозаичные формы полиплоидий от 10% мозаицизма;

- происхождение дополнительного набора хромосом.

Микроделеции и микродупликации

Аннотация обнаруженных CNV по базам данных патогенных и непатогенных CNV, собственной БД лаборатории.

Определение происхождения структурного дисбаланса.

Показания к исследованию:

• Множественные врожденые пороки развития

Чаще всего причиной множественных пороков развития являются средние и крупные микроделеции с вовлечением множества генов. Такие хромосомные изменения легко детектируются при помощи ХМА.

• Неспецифичный, "широкий" фенотип

При неспецифичном фенотипе пациента выбор таргетной диагностической панели вызывает трудности. Полногеномные методы в этом случае имеют преимущества. ХМА определяет вариации копий всех клинически значимых генов.

• Задержка развития, аутизм и умственная отсталость

Наиболее частой причиной аутизма, умственной отсталости и задержки развития является хромосомная патология. ХМА в этом случае обладает высокой диагностической эффективностью по сравнению с другими методами.

• Низкий вес при доношенной беременности;
• Малые аномалии развития (особенности фенотипа);
• Аномальное строение половых органов, неопределенный пол;
• Выраженные отклонения в росте (низкий рост, высокий рост) и размерах головы (микроцефалия, макроцефалия);
• Отставание в физическом и половом развитии;
• Первичная или вторичная аменорея, или ранняя менопауза;
• Аномальная спермограмма – азооспермия или выраженная олигозооспермия;
• Выявление маркерных хромосом или неидентифицируемых аномалий при стандартном анализе кариотипа;
• Аномальный кариотип у родителей.