Дисбактериоз кишечника. Исследование микрофлоры кишечника с определением чувствительности к бактериофагам, антимикробным и антимикотическим препаратам

Исследование микрофлоры кишечника с определением титра. Определение чувствительности к бактериофагам и к антимикробным препаратам в случае выявления патогенных микроорганизмов (сальмонеллы, шигеллы), в случае выделения условно-патогенных микроорганизмов, в количестве, превышающем норму, а также  определение чувствительности к антимикотическим препаратам в случае обнаружения грибов рода Candida.     


Метод исследования: бактериологический

Под понятием «дисбактериоз»  кишечника понимают клинико-лабораторный синдром, связанный с изменением качественного и/или количественного состава микрофлоры кишечника с последующим развитием метаболических и иммунологических нарушений с возможным развитием желудочно-кишечных расстройств.

Дисбактериоз - клинико-микробиологический (лабораторный) синдром, является следствием воздействия неблагоприятных факторов, в т. ч. различных заболеваний.

Изменения нормального состава кишечной микрофлоры могут быть связаны как со снижением, так и увеличением численности отдельных видов микроорганизмов, а также эти изменения могут затрагивать различные отделы желудочно-кишечного тракта. Традиционно термин «уменьшение количества» связывают со снижением численности нормофлоры: бифидобактерий, лактобацилл, энтерококков и других бактерий, относящихся к «хорошей» флоре. А понятие увеличение количества микроорганизмов традиционно связывают с ростом численности популяции условно-патогенной микрофлоры. Такая точка зрения в значительной степени оправдана при анализе состава толстокишечного микробиоценоза, для которого характерна крайне высокая численность микроорганизмов.

Микробиота человека — метаболический «орган», который не только участвует в переваривании пищи, но и выделяет различные биологически активные вещества, стимулирует функции врожденного и приобретенного иммунитета, препятствует инвазии патогенных микроорганизмов, выполняет детоксикационную, антиканцерогенную, синтетическую функции.

Традиционно считалось, что колонизация желудочно-кишечного тракта  микроорганизмами происходит после рождения. Исследования последних лет показали, что микроорганизмы присутствуют в плаценте, амниотической жидкости, пуповинной крови, меконии. Неправильное питание матери во время беременности или ребенка в раннем детском возрасте может привести к обеднению и дефекту микробиоты кишечника. Предполагают, что окончательное становление так называемого энтеротипа или фекотипа начинается с 18 мес. Примерно к 2—3 годам микрофлора претерпевает последние изменения, формируется «взрослая» микробиота, 60—70% которой будет мало варьировать на протяжении всей жизни.

Микрофлора представлена на 97% анаэробами.

В микробиоценоз кишечника входят:

• - постоянно обитающие виды микрофлоры (облигантная, доминантная) – представлена анаэробными бифидобактериями (Bifidobacterium spp.) – 10^8-10^10 КОЕ/г, лактобактериями (Lactobacillus spp.) – 10^6-10^8 КОЕ/г, кишечной палочкой (Escherichia coli, E. coli) – 10^5-10^8 КОЕ/г, энтерококками (Enterococcus spp.) – 10^5-10^8 КОЕ/г, бактероидами.
• - добавочная флора (преимущественно факультативные анаэробы) – энтерококки, стрептококки, протей, кампилобактер. Эта микрофлора относится к условно-патогенной (при избыточном размножении возможны патологические проявления).
• - транзиторная  (представлена синегнойной палочкой, патогенными энтеробактериями, некоторыми псевдомонадами и др.

Микробиота является высокостабильной экосистемой в отсутствие серьезных внешних факторов. По мере старения человека «стареет» и его микрофлора. Недостаточное усвоение питательных веществ, связанное с возрастными физиологическими изменениями, может вести к нарушению состава микрофлоры. Снижение всасывания витамина В12, кальция, железа, что способствует развитию атрофического гастрита. Возрастные изменения характеризуются количественным увеличением факультативных анаэробов и оппортунистических патогенов, повышение числа которых ассоциировано с неспецифическим воспалением. При этом уменьшается разнообразие микрофлоры, снижается продукция короткоцепочечных жирных кислот (КЦЖК), секреция муцина, повышается проницаемость слизистой оболочки для патогенов. Дисбаланс между про- и противовоспалительными элементами у пожилых людей ведет к неспецифическому вялотекущему воспалению, называемому inflammaging (возрастное воспаление). Доказано, что изменение микробиоты  сопровождает  болезнь Крона, неспецифический язвенный колит и целиакию, а также синдром хронической усталости и атопический  дерматит. Воспаление является основой развития онкологических, аутоиммунных, хронических неинфекционных заболеваний, болезни Альцгеймера, атеросклероза, остеоартрита, инсулинорезистентности, сердечно-сосудистых заболеваний.

Основным способом диагностики дисбактериоза является микробиологический метод, при котором производят качественную и количественную оценку облигатных, условно-патогенных и патогенных микроорганизмов в кале. На основании результатов исследования делают вывод о дефиците облигатных микроорганизмов или об избыточном росте условно-патогенных или патогенных бактерий. Микробиологическое исследование – это один из наиболее специфических и чувствительных методов исследования, применяемых при диагностике дисбактериоза. Следует, однако, помнить, что бактериологический состав кала (он используется в качестве биоматериала) несколько отличается от бактериологического состава слизистой оболочки кишки. Кроме того, результат теста может зависеть от многих других факторов, таких как недавнее употребление антибактериальных препаратов, продуктов, богатых пробиотиками, или слабительных средств.

К наиболее значимым причинам и факторам  риска развития дисбактериоза относят:

1. Ятрогенные воздействия (антибактериальная терапия, гормонотерапия, применение цитостатиков, лучевая терапия, оперативные вмешательства);
2. Фактор питания (дефицит пищевых волокон; потребление пищи, содержащей антибактериальные компоненты, консерванты, красители и др.ксенобиотики; несбалансированное по составу нутриентов и минорных компонентов питание; нерегулярное питание; резкая смена рациона и режима питания);
3. Стрессы различного генеза;
4. Острые инфекционные заболевания желудочно-кишечного тракта;
5. Снижение иммунного статуса различного генеза;
6. Хронические заболевания внутренних органов;
7. Функциональные нарушения моторики кишечника;

Показания к исследованию:

• диагностика и лечения дисбактериоза кишечника, контроля его лечения;
• длительное лечение антимикробными препаратами;
• хронические заболевания органов желудочно-кишечного тракта.

Одна из ключевых проблем лечения бактериальной инфекции – выбор эффективного  препарата,  соблюдение показаний к его  применению, подбор  правильной  дозировки, поскольку возникающая при бесконтрольном лечении антимикробными препаратами резистентность к противомикробным средствам – серьезная проблема, представляющая угрозу для здоровья людей.  
Для лечения бактериальных заболеваний могут применяться либо антибиотики, либо бактериофаги, либо проводят совместную терапию.
Бактериофаги – уникальные микроорганизмы. Их антибактериальная активность достигается внедрением в клетку возбудителя, последующим размножением и распадом бактерии.
Бактериофаги в отличие от антибактериальных препаратов воздействуют только на возбудителя заболевания, не затрагивая нормальную флору человеческого организма. Бактериофаги – это естественные антагонисты бактерий. Бактериофаг внедряется в бактериальную клетку, проникает внутрь и начинает размножаться. Получается до 1000 таких же бактериофагов. В итоге, бактериофаг разрывает, уничтожает бактериальную клетку.
Препараты бактериофагов можно принимать в сочетании с другими антибактериальными средствами, что усиливает противобактериальный эффект и позволяет снизить дозу антибиотика.
Совместное назначение бактериофагов с противовирусными препаратами противопоказано.
Для выявления чувствительности к фагам используются препараты  АО «НПО «Микроген» .  В питательную среду с ранее внесенной бактериальной суспензией помещают  каплю бактериофага.  При отсутствии чувствительности фага наблюдается рост культуры, при наличии чувствительности – отсутствие роста в зоне нанесения фага.

Одна из ключевых проблем лечения бактериальной инфекции – выбор антибактериального препарата,  соблюдение показаний к их применению, подбор  правильной  дозировки, поскольку возникающая при бесконтрольном лечении антимикробными препаратами резистентность к противомикробным средствам – серьезная проблема, представляющая угрозу для здоровья людей.  Основной целью определения (оценки) чувствительности микроорганизмов к антибиотикам  является прогнозирование их эффективности при лечении инфекций у конкретного пациента.
Для лечения бактериальных заболеваний могут применяться либо антибиотики, либо бактериофаги, либо проводят совместную терапию.
Выбор препаратов для определения антибиотикочувствительности проводится  согласно руководству Европейского комитета  по определению чувствительности к антимикробным препаратам (EUCAST), в котором для каждого вида микроорганизма регламентируется определенный перечень препаратов, чувствительность к которым необходимо проверить. Определение чувствительности к антибиотикам  в лаборатории проводится стандартизованным диско-диффузионным методом. В питательную среду с ранее внесенной бактериальной суспензией помещают  диски с антибиотиками. Проводят инкубацию в течении 18-24 часов.  Вследствие диффузии препарата  происходит подавление роста микроорганизмов, и по диаметру зон задержки роста судят о чувствительности культуры. Интерпретация результатов:  на  бланке теста для каждого препарата  будут обозначения в виде букв R или S или I.  R (Resistant) – резистентность бактерий к данному бактериофагу или антибиотику, S (Sensitive) – чувствительность возбудителя к препарату. Буква I обозначает чувствительность при увеличенной экспозиции препарата.

Тесты по определению чувствительности к противогрибковым препаратам выполняют в отношении дрожжевых возбудителей микозов, если вызванная ими инфекция имеет тяжелое течение, если отмечается неэффективность начальной терапии, или же у пациента возникает
рецидив заболевания, а также, если наличие резистентности невозможно определить на основании идентификации вида возбудителя.
Используются тест-системы производства  компании Bio-Rad Биорад в виде микропланшетов, в лунках которых содержатся две  концентрации  шести антигрибковых препаратов.  Тестирование грибковой суспензии на чувствительность проводится в течение 48часов. Чувствительность или устойчивость препарата определяется по восстановлению цветового индикатора, находящегося в лунках микропланшета.