Исследование микробиоты (биотоп "Тонкая кишка" пристеночная микробиота) (ГХ-МС по Осипову)

Метод исследования: ГХ-МС.

Преимуществами метода являются:

• Широкий диагностический спектр микроорганизмов;
• Универсальность - позволяет выявлять разные группы микроорганизмов: бактерии, грибы, вирусы, в том числе анаэробные, которые часто являются причиной воспалительных процессов.
• Высокая чувствительность -  позволяет определять малые количества веществ микробного происхождения.
• Отсутствие необходимости в культивировании микроорганизмов и использовании биохимических тестовых материалов.

Микробиом человеческого кишечника представляет собой уникальную совокупность микроорганизмов. Его незримое присутствие регулирует целый ряд важных процессов - от метаболических и иммунных до когнитивных, а отклонение его состава от нормы приводит к развитию разнообразных патологических состояний: желудочно-кишечных, аллергических и аутоиммунных заболеваний, сахарного диабета, ожирения и т.п.

В настоящее время понятие «микрофлора человека» утратило свою актуальность: мы несем в своем организме не просто набор бактерий, а настоящий биом - микробиом. Наше тело - это место обитания многочисленной популяции микроорганизмов, своего рода микробная экосистема, характеризующаяся своей генетической регуляцией и сложными взаимодействиями и реагирующая на влияние факторов внешней и внутренней среды. Она настолько уникальна, что в мире не найдется двух людей с идентичным микробиомом.

Микробиом распределен в нашем организме неравномерно, по его топографии и видовому составу принято различать микробиом кожи, полости рта, дыхательных путей, урогенитального тракта и кишечника. Наиболее крупным микробиомом нашего тела является, несомненно, кишечный. Он может состоять из сотен видов различных микроорганизмов, но у взрослого человека преобладают бактерии четырех типов: В микробиоте кишечника преобладают 4 из 50 известных типов бактерий (Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes и Proteobacteria). По самым скромным подсчетам, микробных клеток в организме приблизительно 10*13–10*14, что на порядок превышает количество собственных клеток организма.

Количественное и качественное разнообразие кишечной микрофлоры возрастает по ходу кишечника, с минимальным численным содержанием в тонкой кишке 102–107 КОЕ/мл и максимальным значением в толстой кишке – до 1011 КОЕ/мл8. Помимо этого, в тонкой кишке преобладают аэробные микроорганизмы, которые по мере движения вниз по ЖКТ сначала сменяются факультативными микроорганизмами, а затем строгими анаэробами. В двенадцатиперстной кишке количество микроорганизмов не превышает 10*4–10*5 КОЕ/мл и видовой состав представлен лактобактериями, бифидобактериями, энтерококками, дрожжами. В тощей кишке содержится не более 104 КОЕ/мл бактерий, в дистальном отделе подвздошной – до 105–108 КОЕ/мл9. Скудная микробная обсемененность верхних отделов кишечника обусловлена поступлением сюда кислого содержимого из желудка (химуса), активной кишечной перистальтикой, бактерицидными свойствами желчи  и наличием илеоцекального клапана.

Исследование проводится  методом газовой хроматографии — масс-спектрометрии, модифицированным профессором микробиологии Осиповым Г.А.. В основе метода лежит определение маркеров микроорганизмов – жирных кислот, индивидуальных для каждого представителя микромира. Жирные кислоты образуются в процессе жизнедеятельности микроорганизмов. По этому набору можно судить о составе микробиоты. Метод позволяет получить точный результат за короткое время по сравнению с классическим микробиологическим исследованием.

Показания к исследованию:

• подозрение на нарушение микрофлоры тонкой кишки;
• частые запоры или диарея;
• синдром раздражённого кишечника - нарушение функции кишечника;
• хронические воспалительные заболевания кишечника (язвенный колит; болезнь Крона).

Анализ определяет содержание плазмолагена и эндотоксина. По результатам исследования выдается пояснение и сводные таблицы по группам микроорганизмов в сопоставлении с референсными значениями.